微生物菌肥有很多優點，特別表現在以下幾個方面：

微生物肥料是一種活性肥料，主要依靠土壤中微生物的繁殖，改變土壤結構，調節根系菌群，創造有利于微生物生長的新環境，只有微生物本身的活性，也與外界的氣候條件息息相關。

通過增殖有益菌，在植物根部周圍形成優勢種群，阻止其他有害菌的生命活動，分解土壤有機質，促進土壤顆粒的形成，通過有益菌的活動使土壤松散。土壤肥料、肥料、水和水透氣性和透氣性得到了很好的調整，以分解土壤中的農藥殘留，防止農藥殘留損害下一季的作物，植物的生長過程也被根系的污染物分解。

如果活菌肥的數量和強度足夠，微生物肥就可以正常發揮作用；它的外部條件包括溫度、土壤水分、土壤養分、光照強度和土壤pH值。微生物肥料只有在適宜的外界條件下才能發揮正常的作用。細菌種類繁衍，新陳代謝產生有利于植物生長的元素，從而提高土壤肥力。

空氣中的部分氮可以通過有益菌的生長代謝，產生適當的酶和酸，將土壤中不溶性的磷鉀肥分解成植物可吸收的磷鉀肥，什么大大提高栽培植物對肥料的利用率。在溶解磷和鉀的同時，它還可以促進土壤中微量元素的釋放，可供植物使用。同時，有益菌被代謝，產生植物所需的多種植物，如小分子氨基酸、生長促進劑、維生素等。

當微生物肥料在適宜的氣候和土壤條件下進入土壤時，會產生生理活性物質，植物生長激素醋酸、赤霉素和各種維生素等，促進細胞分裂，促進植物生長，可以提早開花，一些菌株還分泌一些刺激性維生素以促進植物生長。

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