生物有機菌肥一個季節使用一次就可以，一次使用作用可持續多年。部分微生物菌種施入土壤后會大量繁殖，當數量達到一定程度后就會成為優勢菌群，但隨著外部環境的改變，如化肥的超量使用、殺菌劑的使用、燜棚、高溫等，都會導致有益菌死亡，從而影響有益菌群在土壤微生物系統中的地位，要繼續保持有益菌群的地位，就需要在作物的生長期多次使用微生物肥料來補充有益菌。????

不注重菌的種類，認為一種菌可以解決多種問題。少數用戶在選購微生物肥料時只注重是不是含菌，而不關注菌的種類，缺乏對癥用菌的意識，使用了不對癥的菌品種，產品效果難以發揮，難以達到用戶目的?，F階段在農業部獲得登記的微生物品種有根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、解磷類微生物菌劑、硅酸鹽微生物菌劑、光合細菌菌劑、有機物料腐熟劑、促生菌劑、菌根菌劑、生物修復菌劑。不同品種具有的功能不同，生物有機菌肥的作用會體現在六個方面：提供或活化養分功能；產生促進作物生長活性物質能力；促進有機物料腐熟功能；改善農產品品質功能；增強作物抗逆性功能；改良和修復土壤功能。要結合需求、菌種特點、菌種功能選用對癥的產品。生物有機菌肥超過保質期使用就沒有效果。農用微生物菌劑國家標準規定，“農用微生物菌劑產品”及“有機物料腐熟劑產品”液體制品保質期為3個月，粉劑及顆粒制品為6個月。超過保質期并不意味著產品沒有效果，要區別對待。在實際應用中，也發現了一些特例，如熒光假單胞菌劑制品（液體），超過保質期使用非但沒有減效，作用較之前更突出，有待進一步研究。????

生物有機菌肥可以替代化肥，?土壤肥力由生物肥力、化學肥力、物理肥力三部分組成，使用微生物肥料后能提高土壤的生物肥力，可以間接促進化學肥力和物理肥力的提高。使用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料利用率，減少部分化肥的投入。

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