生物有機菌肥隨著農戶種植模式轉變、施肥用藥習慣的轉變，農作物生產中出現了許多新問題，為了應對新問題，用戶將注意力轉向了微生物肥料產品。生物有機菌肥是指含有特定微生物活體的制品，應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長，提高產量，改善農產品品質及農業生態環境。

目前，生物有機菌肥包括微生物接種劑（微生物菌劑）、復合微生物肥料（菌肥）、生物有機肥（菌肥）三類。在使用過程中，微生物肥料在提高土壤生物肥力、防控根部病害、提高產品品質作用顯著，但是也有用戶反映效果不穩定，同一批次的品種在不同作物、不同時期、不同用量的情況下效果差異很大。生物有機菌肥經過調查發現，引起效果不穩定有產品本身的問題，也有儲運和用戶使用的問題。因用戶不正確使用造成微生物肥料效果降低的現象十分常見，農戶使用這類肥料中存在諸多誤區，主要體現在觀念和使用方法上。

生物有機菌肥使用誤區：靠見效速度評價產品好壞，認為見效快的就是好菌劑或菌肥。微生物的生命活動，除了會分解土壤中難溶及被固定的元素，增加營養元素的供應量，利用自然界的物質轉化為植物生長所必須的物質，促進作物產量提高外，還能產生植物生長刺激素和拮抗某些致病微生物的作用，可減輕作物病蟲害的發生，肥料效果的發揮與微生物菌群繁殖速度、菌群數量關系緊密，菌群生長存在周期，這一點是與化學肥料和植物調節劑的較大區別，這也就出現了微生物肥料速效性不如化學肥料與植物調節劑的現象。見效慢并無意味著菌劑及菌肥是無效果的，能在較短時間內就可以看到作物長勢明顯改善的品種也未必是好的菌肥或菌劑，其中也不乏一些添加了植物調節劑的品種。

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